Прошло почти девять лет после историй, происходивших в предыдущем анимэ. В Бюро начала работать юная Хаятэ Ягами, несмотря на возраст смышленая и умнейшая девочка. Волшебница Наноха доросла до высокого звания капитана. Бюро Воздушных Сил - организация, где работает боевым инструктором девушка. Адмирал Линди удочерил лучшую подругу Нанохи - Фейт, нашедшую себя в Космофлоте. Хаятэ - подполковник Сухопутных Сил, и вынуждена участвовать в политической арене Мид-Тилда. Основная изюминка сериала - необычное предсказание, предрекающее, что Бюро погибнет, и сохранять мир в Галактике станет некому. С помощью высокопоставленных особ девушки создают отряд специального назначения, цель и основная задача отряда - спасти мир.

Прошло немного времени после решающего поединка Нанохи и Фейт, результатом которого стала дружба девочек, землянки Нанохи и пришелицы из иного мира Фейт. Фейт хотела выполнить задание злой матери, но у нее это не получилось. На планете Земля за попытку кражи секретных артефактов Фейт получила наказание - условный срок с выполнением работ в Бюро Пространства Времени. Теория вероятности - вещь непредсказуемая, по роковой случайности в полночь с полки падает старинная Книга, а происходит это событие в день рождения девочки Хаятэ Ягами, оставшейся сиротой. Давний рок или свобода выбора, поиск причин или решение последствий, истина силы или сила истины, ложь во спасение или горькая правда - все это осмысливается во втором сезоне и ищутся ответы.

Перед звездным археологом Юно Скрайя поставили задачу - собрать артефакты с планеты №97, кодовое название Земля. Прилетев на планету, Юно сообразил, что ему одному не справиться, нужно приглашать в помощь землян и налаживать с ними контакты. Прочувствовав телепатический призыв о помощи, девятилетняя Наноха Такамати, нашла раненого археолога, спасла его от потери крови и согласилась помочь в выполнении миссии. Для конспирации Юно превратился в горностая, чтобы меньше вызывать подозрений у землян. Нанохе понравилось общаться со звездным археологом, она даже переняла азбучные истины магической науки, как тут вмешались новые события - на планету с далеких миров прибыла Фейт, выполнявшая задание злой матери. Девочки столкнулись между собой, кто из них окажется сильнее, узнаем из анимэ.