Сюжет развивается в далеко не простом месте - военной базе Соединенных Штатов Америки под названием Ёкота. Жизнь сейчас сложна и неоднозначна, ведь это время послевоенной Японии и довоенного Вьетнама. Все события крутятся вокруг одной незамысловатой девушки по имени Сая, профессия которой оказывается намного серьезнее, нежели можно предположить с первого раза. Сая является работницей одного сверхсекретного агентства, подчиняющегося самому правительству! Её работа заключается в том, что ей приходится уничтожать самых что ни на есть настоящих вампиров с помощью очень интересного приспособления - катаны. Как только появляется новость о том, что в одной школе для детей работников завелись сразу три демона, агентство не раздумывая посылает храбрую Саю в самую гущу событий, представив её новой ученицей.

В далеком и далеко не светлом будущем творится черт знает что! Совершенно не знакомая никому прежде раса буквально вытеснила все человечество со своей привычной среды обитания. Клан Гайя не беспокоит ничего, кроме собственного существования и именно по этому они лишили людей всего, что им дорого - свободы, родного дома и даже самых элементарных надежд на более светлое и ничем не запятнанное будущее. Теперь они являются самыми злейшими и ожесточенными врагами Землян. Казалось бы, что уже больше не за что сражаться, да и силы практически на исходе, но не тут то было! Внезапно в поле зрения появляется сбежавший из космических просторов разбойник по имени Харлок, который гордо следует по своему пути на корабле Аркадия. Именно он и станет спасителем всего человечества!

На дворе 2009 год, апрель месяц и это именно то время, когда на Земле началась жестокая война за выживание. Это время, когда неведомая раньше никому гигантская форма жизни под названием Имаго начала операцию по захвату планеты. Эта тяжелая война длиться уже на протяжении 45 лет и, судя по её развитию, прекращаться никак не собирается. Имаго настолько сильны, что ни одно человеческое оружие их не берет. Собравшись с последними силами люди готовятся нанести новый удар, в то время, как выше командующие организации производят полную эвакуацию населения. Но наши бравые защитники не готовы сдаться и они идут на все, что бы вернуть планете былой мир и процветание! Получится ли у них это? Добьются ли они своей цели спустя такое количество времени или же примут поражение и покинут свое место жительства?