Теневые ангелы переродились и теперь человечеству не будет пощады. Они стремятся отомстить тем, кто сверг их и месть их будет страшна! Дабы хоть как-то спастись от гнева теневых ангелов люди приходят к выводу, что им стоит воспользоваться помощью Аквариона - робота, который сделан из самой прочной стали и которым управляют три пилота. Что бы без особых потерь провести сию военную операцию пилотам придется разобраться со всеми своими разногласиями и попытаться стать единым "элементом" механизма, которым они собрались управлять. Теперь на стороне человечества находятся лучшие бойцы и даже один ангел, ранее перешедший на сторону людей, а это, я вам скажу, уже не мало. Получится ли у народа вновь отбить атаку противников или это будет их последняя битва?

Этот фильм состоит из двух частей и он является новой трактовкой всего, что произошло в сюжете ранее. В первой части с устрашающим названием "Смерть" мы можем наблюдать повтор основных событий, показанных на протяжении первых 24-х серий оригинального аниме. С помощью такого, как бы сказать повторения, мы с большим пониманием сможем отнестись к тем или иным поступкам из жизни пилотов, а так же других членов организации под названием NERV. Вторая часть далеко не отстала от первой и так же имеет столь внушающее название - "Перерождение". В этой части происходит более обширный рассказ личных историй Синдзи Икари и еще попутно двух героев, которые прошли долгий и тернистый путь к выполнению собственного долга.

Вот он, конец всем мучениям и ожиданиям. Наконец-то пришло время выпускного и полной паники в глазах девушек! Все они ужасно нервничают, ведь в этот вечер решится их судьба и все их наряды, прически и украшения уж никак делу не помогут. Вы думали все закончится королевой бала? Но тут то не все так банально. В эту ночь Нэгги предстоит выбрать одну единственную ученицу, которая заключит бессрочны контракт. Остальные же не получат ничего и просто напросто отправятся домой без каких либо надежд на светлое и магическое будущее рядом со своим любимым куратором. Но девушки просто так не сдадутся, ведь каждая желает заполучить желаемое. Так и начинается пора откровений учениц с Нэгги, а порой и даже признаний в любви. Что же повлияет на его решение? Это вы уже узнаете сами!