На дворе стоит 2032 год и это время, когда простые люди живут бок о бок с киборгами и особо не обращают на это внимание. Это время неdиданного информационного прогресса, который очень явно сказался на жизни людей. Наш главный герой - детектив Бато, который большую часть своей жизни посвятил службе в полицейском участке, в отделе, занимающегося борьбой с терроризмом. Помимо того, что он отличный детектив, он так же живой киборг, большая часть тела которого состоит из железа. От него прежнего осталась лишь память о прошлом и о ней , о Мотоко Кусанаги. На пару с коллегой он оказался привлечен в одно загадочное дело, суть которого состоит в том, что произошла серия убийств роботами своих же владельцев. Что произошло и почему так? Именно это и предстоит расследовать детективу Бато.

В довольно близком будущем, в 2029 году, мир канет в эру цифровых технологий и это существенно повлияет и изменит жизнь обычных людей к худшему. Именно в это время появилась уникальная возможность, которая раньше была никому не доступна, создавать высоко интелектуальных киборгов с полной их интеграцией на просторы интернета. Главная же героиня аниме - девушка-киборг по имени Кусанаги Мотоко, которая существует в железном теле, но владеет человеческим разумом и которая является работником Девятого отдела, занимающегося спецоперациями для правительства. В это же время на просторах сети появляется таинственный маньяк, которого в народе прозвали кукловодом. Он каким-то неведомым правительству образом умудрялся манипулировать людьми в своих же интересах. Теперь главной задачей Кусанаги является поимка этого преступника. Сможет ли она?

Все события развиваются в двух совершенно не похожих друг на друга мирах. Это реальный мир, в котором проживают обычные люди со своими мирскими проблемами и заботами и параллельный мир под названием Гайя, жизнь в котором существенно отличается от нашей. Следуя притягательному зову принца Фалконе самая обычная японская девушка по имени Канзаки Хитоми оказывается там, где её быть не должно - в мире Гайя. Но еще большее внимания привлекает тот факт, что она каким-то загадочным образом оказалась в древних мифических доспехах Эскафлона, которые, если верить пророчеству, окажутся спасителями этого незамысловатого мира. Что же это все значит и какую роль сыграет Канзаки в существовании параллельного мира?