Прошло почти девять лет после историй, происходивших в предыдущем анимэ. В Бюро начала работать юная Хаятэ Ягами, несмотря на возраст смышленая и умнейшая девочка. Волшебница Наноха доросла до высокого звания капитана. Бюро Воздушных Сил - организация, где работает боевым инструктором девушка. Адмирал Линди удочерил лучшую подругу Нанохи - Фейт, нашедшую себя в Космофлоте. Хаятэ - подполковник Сухопутных Сил, и вынуждена участвовать в политической арене Мид-Тилда. Основная изюминка сериала - необычное предсказание, предрекающее, что Бюро погибнет, и сохранять мир в Галактике станет некому. С помощью высокопоставленных особ девушки создают отряд специального назначения, цель и основная задача отряда - спасти мир.

Прошло немного времени после решающего поединка Нанохи и Фейт, результатом которого стала дружба девочек, землянки Нанохи и пришелицы из иного мира Фейт. Фейт хотела выполнить задание злой матери, но у нее это не получилось. На планете Земля за попытку кражи секретных артефактов Фейт получила наказание - условный срок с выполнением работ в Бюро Пространства Времени. Теория вероятности - вещь непредсказуемая, по роковой случайности в полночь с полки падает старинная Книга, а происходит это событие в день рождения девочки Хаятэ Ягами, оставшейся сиротой. Давний рок или свобода выбора, поиск причин или решение последствий, истина силы или сила истины, ложь во спасение или горькая правда - все это осмысливается во втором сезоне и ищутся ответы.

Перед звездным археологом Юно Скрайя поставили задачу - собрать артефакты с планеты №97, кодовое название Земля. Прилетев на планету, Юно сообразил, что ему одному не справиться, нужно приглашать в помощь землян и налаживать с ними контакты. Прочувствовав телепатический призыв о помощи, девятилетняя Наноха Такамати, нашла раненого археолога, спасла его от потери крови и согласилась помочь в выполнении миссии. Для конспирации Юно превратился в горностая, чтобы меньше вызывать подозрений у землян. Нанохе понравилось общаться со звездным археологом, она даже переняла азбучные истины магической науки, как тут вмешались новые события - на планету с далеких миров прибыла Фейт, выполнявшая задание злой матери. Девочки столкнулись между собой, кто из них окажется сильнее, узнаем из анимэ.

Реставрация Мэйдзи побеждает, сторонникам бакуфу приходится тяжело, они понемногу отступают. Трудно устоять многотысячным армиям, вооруженным новейшим оружием, имея в запасе самурайский дух и мастерское владение фехтованием. Синсэнгуми - смотрящие за сохранением порядка в Киото, воспользовались чудодейственным эликсиром целителя Юкимуры, который увеличивает силы, обратная сторона снадобья - человек становится жестоким и кровожадным. Но чудесное лекарство не очень помогло, практически, невозможно преодолеть сверхчеловеческие возможности, ибо императорские воины наделены такими силами с рождения. В противостоянии было много потерь, обескровленные синсэнгуми возвращаются в Эдо. Дочь доктора Юкимуры, попав в отряд хранителей порядка, остается у них, чтобы жить и сражаться с оружием в руках.

Девятнадцатый век, его середина, Япония. Закончилась извечная ограниченность, обособленность, страна вступила в период потрясений и новшеств. Воссоединение опыта Запада и мудрости Востока потрясло многие умы и повлекло за собой возникновение новых идей, необузданных и рискованных. Во всей полноте прелести идейных столкновений прочувствовал на себе Кодо Юкимура - народный врачеватель-целитель, обучившийся в Голландии у известных специалистов. Таинственное исчезновение врача, после визита по приглашению в столицу Японии, тяжело сказалось на состоянии здоровья его дочери Тидзуру. Нет больше сил терпеть неизвестность - Тидзуру переодевается самураем, берет из дому фамильный меч и путешествует в Киото, надеясь разыскать исчезнувшего родителя.

Главные персонажи манги - протагонисты Рёта Сакамото и Хэмилия. Рётта 22-летний парень, который нигде не работает, живёт "на шее" у своей матери, и всё свое свободное время проводит в онлайн игре "Btooom!". Сакамото часто ссорится со своей матерью по поду своего безделья, но сильно не придаёт этому значения. В повседневной жизни парень ничем не отличается от своих сверстников, но в виртуальном мире ему нет равных.

Мир будущего потерпел коренных изменений, управляют им молодёжные группировки, члены которых наделены сверхъестественными возможностями. Их побаиваются не только существующее правительство но даже и гангстеры, которые впрочем не отказываются от совместного сотрудничества. Бойцы молодёжных группировок различаются между собой по цветам стихии и именам. И пока в мегаполисе идёт полным ходом выяснение отношений среди "синих" и "красных", на прекрасном островке, где расположилась старшая школа Асинака, спокойно трапезничал Ясиро Исана вместе со своей кошкой.

Цветок Судьбы потихоньку стал делиться своими секретами. Давным-давно, вся Галактика была охвачена страшным кризисом, всеобщий галактический кризис втянул в свою орбиту и Землю, но только ей одной повезло найти верное решение и выжить. Происходила эта история 20 тысяч лет назад. В наше время две могущественные внеземные цивилизации Ле Гарите, Де Метрио вновь заинтересовались голубой планетой и стали вести подготовку к звездной войне. Главы могучих, враждебных цивилизаций определили место встречи в Камогаве на планете Земля. Цель встречи - поиск компромисса, но это, всего лишь предлог для привлечения сторонников в виде боевых роботов серии "Глас". Корпорация "Номундус", владеющая и выпускающая роботов, находится под контролем землян, поэтому позиция Земли тверда.

Девушка Мадока Кёно в академии Камогава представляет клуб помощи, досадно, что она в единственном числе и член клуба, и президент. Располагается академия у моря на окраине округа Канто. Семнадцатилетняя девушка полна энергии и готова предлагать свои услуги, где только можно: в кино, в семейном ресторане, в теннисе. Одна проблема беспокоит Мадоку - она всюду одна и нет у нее подруги, поэтому девушка очень обрадовалась незнакомке и предложила ей стать членом клуба помощи. Новую девушку зовут Лан, ей тоже нужна помощь друга - нужно лишь попасть в секретную корпорацию, имеется в виду охраняемое здание, оседлать боевого робота и, всего-навсего, приложить некоторые усилия для спасения мира. Космические силы сражаются между собой за обладанием планеты Земля и применяют самые разнообразные средства, кто силу, а кто новые технологии.

Девушке по имени Мэй Татибана исполнилось 16 лет. Пора любви, романтических свиданий, трепетных волнений и нежных переживаний. Но Мэй ни с кем не встречается, парня у неё нет, да не то что парня, у неё то и друзей нет. Всё время находится в одиночестве, всё время одна. Поэтому нисколько не странно, что все её сверстники насмехаются над ней, и то и дело пускают в её сторону колкие шуточки. И каким бы ангельским терпением не обладала Мэй, всему приходит конец...